«Новый подтип ВИЧ обнаружили впервые с 2000 года. Как именно он влияет на организм, пока не известно, но ученые отмечают, что против нового штамма сработают уже действующие препараты для лечения ВИЧ», - сообщают на РБК.
Для начала – это не новый штамм, а новый классфиицированный подтип, в вот новые штаммы обнаруживают весьма регулярно. В распоряжении исследователей сегодня имеется три образца данного штамма: 83CD003, 90CD121E12 и CG-0018a-01. Они были получены еще в 1983, 1990 и 2001 годах, собственно. Последний образец в этом ряду был получен у ВИЧ-инфицированной женщины в ДРК (Демократическая Республика Конго) в 2001 году в маленьком госпитале Good Shepard Hospital в самом центре экваториальной Африки, в 1100 км от столицы ДРК.
Тогда в чем тут новость?
Дело в том, что концентрация вируса в образце CG-0018a-01 была низкая для детального изучения генома, и о нем вспомнили недавно, когда появилась технология HIV-xGen, позволяющая производить секвенирование генома вирусов при их очень низком количестве в образце. А вот результаты секвенирования генома этого вируса позволили, вкупе с данными секвенирования двух других образцов, не просто говорить о том, что это некий штамм группы М, а именно новый подтип в данной группе, согласно современным принципам классификации. Другими словами, история представляет почти исключительно академический интерес. Подтип получил свою отдельную букву L, и это 12 буква в английском алфавите, что дополнительно нам подсказывает, что мы пережили 11 подтипов в группе М, не считая почти сотню устойчивых циркулирующих рекомбинантных форм (CFRs), и переживем и этот.
Заметим, что речь идет именно о подтипе из самой распространенной группы М. Всего их у ВИЧ-1 на сегодня три: М (main, главная), O (outlier, другая) и N (new, новая, или «не М, не О»). То есть генетическое отличие нового подтипа L достаточное, чтобы его выделять в отдельный подтип, но все в пределах той же главной группы M, внутри которой и разворачивается практически вся история с ВИЧ-1 на нашей планете.
А вдруг у меня такой подтип, что делать и как выяснить?
Начнем с того, что это экстремально маловероятно. Три образца попали в руки ученых с 1983 года не потому, что они очень ленивые, а скорее потому, что этот подтип уже не существует в природе. Потому скорее тут история про «награда нашла героя посмертно». Если вы что-то делали не так много лет назад где-то в самом сердце Африки, то может быть, и то вряд ли. В любом случае, образец 2001 года является реактивным на стандартной коммерческой системе 4 поколения Abbott Architect HIV Combo Ag/Ab (S/CO образца 118,9), а РНК данного штамма также без проблем детектировалась распространенной ПЦР-системой (около 8000 копий РНК ВИЧ в мл образца CG-0018a-01).
С его выявлением нет никаких проблем, их не было и в 2001 году, за исключением проблемы того, что его, похоже, уже не у кого выявить. И генетика вируса такова, что, если бы мы имели пациента с данным подтипом L, стандартная терапия работала бы без проблем. То есть кроме того, что быть счастливым обладателем столь редкого и самого последнего из классифицированных штаммов почти невероятно, само по себе такое обладание не могло бы являться проблемой диагностики или терапии, потому выяснять свой подтип ВИЧ не имеет никакого практического смысла.
А еще могут быть открыты подтипы?
Непременно. И тут есть некоторая проблема – в английском алфавите всего 21 буква, и первые 12 уже заняты для типа М. Можно ожидать, что после того, как буквы кончатся, в научном сообществе развернется бурная дискуссия на тему, как же теперь быть с наименованием новых подтипов.
Итого: остается поздравить группу исследователей из США с тем, что у них отличная память, и они вспомнили про образец CG-0018a-01 в 2019 году, помнили про его особенности и трудности с секвенированием в прошлом, разобрали его на части при помощи новой технологии HIV-xGen и, наконец, классифицировали, да еще и повезло столкнуться с новым подтипом.
- Yamaguchi, Julie BS; McArthur и др. Complete genome sequence of CG-0018a-01 establishes HIV-1 subtype L. JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes: November 06, 2019